Entre as duas guerras de 1870 e, em seguida, de 1914, surgiram conflitos de um tipo diferente: No início do século XX, a sociedade francesa viu sua primeira experiência estável de democracia secular (A Terceira República). A Igreja é designada remotamente: congregações religiosas devem ser declaradas, aqueles que são professores devem ser autorizados, caso contrário, seus bens imóveis serão expropriados. Uma lei estabelece a separação entre Igreja e Estado (1905).
Esse conflito tem raízes profundas na cultura e no pensamento: as ciências, tingidas de cientificismo (augusto Comte, Renan, Loisy,) e o fervor democrático atacam os hábitos da Igreja Católica e provocam nela explosões de intransigência. A sociedade política e a Igreja são afetadas por esses conflitos, mesmo nos níveis mais altos.
Nesta situação desconfortável, o padre Anizan continua seu trabalho apostólico, anima a União das Obras, sua revisão e seus congressos, e defende os bens de sua congregação, tudo isso sem se deixar guiar por critérios ideológicos ou políticos.
Mas o conselho geral do Instituto dos Irmãos de São Vicente de Paulo é dividido por todas essas tensões. Existem oposições.
Combinados com as mudanças necessárias no instituto (atualização das Constituições, duração do mandato do Superior Geral), eles conduzem, a pedido do Bispo de Paris, à realização de uma visita canônica e depois à decisão de um capítulo. eleição. Este último, em um clima dramático causado pela morte súbita do padre Leclerc, elege p. Anizan como superior geral, por uma grande maioria (1907). O padre Anizan, sem deixar de trabalhar incansavelmente pela proclamação do Evangelho, faz tudo o que é possível para trazer a paz à congregação e parece estar conseguindo isso. Mas, por lado, aqueles que se tornaram minoria não se resignam e encontram aliados nas mais altas autoridades da Igreja. Padre Anizan não vê o perigo se aproximando.